OmniCell：统一单细胞与空间转录组的基础模型

细胞的转录程序不仅由基因表达定义，还受组织环境影响。单细胞RNA测序在解离后解析分子身份，但丢失了空间信息；空间转录组虽保留组织结构，却受限于稀疏性和基因覆盖。近日，研究者提出OmniCell，一个预训练在6700万个单细胞和空间转录图谱上的基础模型。它通过整合基因身份、表达水平和组织环境，将转录程序与其操作的细胞邻域和解剖背景联系起来。该模型能同时分析单细胞和空间数据，有望提升对细胞功能和疾病机制的理解。需注意，该研究为预印本，尚未经过同行评审。