非编码变异解读新方法:targPred
新工具targPred利用基因组调控块,有助于解读非编码遗传变异如何影响疾病相关基因。
全基因组关联研究(GWAS)已发现大量与疾病相关的单核苷酸多态性(SNP),但其中多数位于非编码区,且可能通过远程调控影响远端基因,这给功能解读带来巨大挑战。近日,研究人员开发了一种名为targPred的新方法,它利用基因组调控块(GRB)——即包含调控元件及其目标基因的保守基因组区域——来推断非编码SNP与远端靶基因的关联。
研究显示,许多疾病(如癌症和精神疾病)的风险SNP富集于特定的GRB内,targPred能够稳健地预测这些SNP的靶基因,其性能优于现有方法。该方法为从GWAS结果中挖掘疾病机制提供了一种通用且可靠的途径。
需要注意,该研究以预印本形式发布,尚未经过同行评审。