共进化指导的祖先序列重建新框架

祖先序列重建（ASR）是研究分子进化和蛋白质功能涌现的重要工具，但传统方法假设序列位点独立进化，忽视了上位效应对蛋白质结构、稳定性和功能的约束。这一简化影响推论准确性：最大后验重建可能过度集中于一个过度理想化的序列，而独立后验采样则可能产生不合理或功能不佳的祖先。

为突破这一局限，研究人员提出了共进化感知的ASR框架。该框架将标准系统发育推断与直接耦合分析（DCA）相结合，DCA从同源序列多重比对中提取共进化信息，作为先验约束祖先序列的氨基酸组成。

测试表明，新方法生成的祖先序列在理化性质上更接近真实蛋白质，且能产生更稳定的祖先。该研究为更准确重建进化历史提供了新思路，但尚属预印本，未经同行评审。