SuBMIT工具包：简化生物分子模拟流程

粗粒化结构模型（即Gō模型）是研究蛋白质和RNA折叠等长时间尺度生物分子动力学的有力工具，具有计算成本低、易于修改的优势。然而，现有模拟流程存在力场不直观、与实验数据兼容性差以及功能碎片化等问题，限制了其广泛应用。近日，研究人员开发了SuBMIT软件工具包，旨在整合和简化整个模拟工作流。SuBMIT基于开源框架，提供从模型构建到模拟运行再到结果分析的标准化模块，并支持Tinker和OpenMM等主流分子动力学引擎。用户可通过命令行或图形界面操作，降低了使用门槛。该工具包有望提高模拟的可重复性和可获取性，推动生物分子动力学研究的普及。需要指出的是，该研究目前为预印本，尚未经过同行评审。